三圣兽（炎帝、水君、雷公）的捕捉是通关后的核心挑战之一。这三只神兽的遭遇机制与玩家初始选择的御三家直接相关：选择妙蛙种子会遇见炎帝，小火龙对应水君，杰尼龟则对应雷公。它们会在关都地区全地图的草丛中随机出现，但与其他神兽不同，三圣兽遭遇后会立即使用吼叫强制逃跑，因此常规的踩影子特性无法阻止其逃离。必须使用具备黑暗眼神技能的宝可梦（如耿鬼）封锁逃跑路径，同时搭配催眠术或冰冻状态提升捕捉成功率。由于三圣兽的栖息地会随机变动，建议在15号道路等开阔草丛区域反复存档读档以刷新遭遇概率。
推荐队伍核心为60级以上的耿鬼，技能配置需包含黑暗眼神（阻止逃跑）、催眠术（控制状态）、食梦/恶梦（消耗HP）和影子球（输出）。道具选择余物可确保耿鬼持续作战能力。战斗时优先使用黑暗眼神锁定目标，随后用催眠术创造捕捉窗口，逐步将神兽HP削弱至红色或黄色状态。投掷超级球时，可尝试同时按住方向键左+下+A键的操作，部分玩家反馈此方法能略微提升捕获率。由于三圣兽等级较高（约Lv50），建议队伍平均等级达到55级以上再尝试挑战。
大师球虽然能确保100%捕获率，但游戏流程中仅能获得一个，需谨慎选择使用对象。若未保留大师球，时间球是较优替代方案——战斗回合超过30回合后，其捕获率会超越高级球。异常状态加成方面，睡眠或冰冻可使捕获率翻倍，麻痹和中毒则仅提升1.5倍。三圣兽的刷新机制与图鉴升级相关，需先完成关都图鉴150种的收集并击败四大天王，才能触发三圣兽的游走事件。部分玩家反映在昼夜交替时段（如清晨或黄昏）遭遇概率可能提升，但该机制尚未得到明确验证。
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