军师系统是游戏后期重要的策略玩法之一。军师系统的开启等级为66级，但仅解锁系统功能，无法直接上阵军师。玩家需达到90级方可上阵第一位军师，95级时解锁第二个军师位置。军师在战斗中提供群体增益、护盾、解控等战略支援，其技能效果直接影响战局走向。
军师的培养需提前规划，即使未达到上阵等级也应尽早投入资源。军师品质分为金色、紫金和赤金等，品质越高提供的属性加成与技能效果越强。普通技能如陆逊的极焰可对敌方全体造成谋略伤害并提升我方军师输出，谋略技能如军略燎原则具备护盾、杀意回复及解控等复合效果。兵书技能需军师升至3星后激活，提供全局增益或持续伤害类效果。
火系阵容适合选择陆逊等提供灼烧加成的军师，其连营之火可降低敌方攻防并附加灼烧状态；辅助型军师如荀彧擅长治疗与减伤，适用于持久战。部分军师具备元素克制机制，例如元素燃烧会受水、雷、风元素影响，需注意敌方阵容属性以避免负面效果。
军师碎片可通过招募、活动或商店兑换获取，合成后需在凌云阁手动激活特权以生效属性加成。上阵时需进入布阵界面，将已激活的军师拖拽至专属位置，普通武将无法占用军师位。若无法上阵，需检查军师是否未激活或位置摆放错误。
军师系统的策略性体现在战斗节奏控制与团队协同上。高阶军师如郭嘉的十胜十败能附加真实伤害与状态抵抗，马良的水浸则侧重减益与控场。合理利用军师技能冷却时间与战场回合机制，可最大化输出或生存能力。后期玩法中，军师与武将、神兽的联动效果是突破高难度关卡的关键。
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